Od 1 czerwca 2020 roku Estonia ponownie otworzyła granice dla osób przybywających z krajów Unii Europejskiej, strefy Schengen oraz Zjednoczonego Królestwa Wielkiej Brytanii i Irlandii Północnej. Obowiązek kwarantanny uzależniony jest od względnej ilości zarażeń koronawirusem w kraju, z którego osoba przybywa. Podróżni z krajów, w których wskaźnik zakażeń w ciągu ostatnich 14 dni utrzymuje się poniżej 16 chorych na 100 000 mieszkańców, są zwolnieni z kwarantanny. Podróżujący z krajów z większą ilością zakażeń muszą po przybyciu do Estonii pozostać dwa tygodnie w samoizolacji.